环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（如：16S / 18S / ITS等序列）或功能基因（如：古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。

      克隆文库分析:      
      PCR方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS，使用TA克隆方法构建克隆文库，挑选阳性克隆测定基因序列，并与GenBank中已知序列进行同源性比较，获得特定环境中的微生物群落结构和多样性信息。

      T-RFLP末端限制性酶切片段分析:
      PCR方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS，采用T-RFLP限制性内切酶对扩增产物进行限制性酶切，利用DNA分析仪分析末端限制性酶切片段，获得末端限制性酶切片段长度，峰高及面积等信息，PAT数据库分析比对获得特定环境中的微生物群落结构及多样性信息。
      DGGE变性梯度凝胶电泳分析:
      PCR方法扩增特定环境样品中细菌16S rDNA或真菌18S rDNA/ITS，通过变性梯度凝胶电泳分析环境样品中微生物菌群落结构;将凝胶电泳条带回收后克隆测序，确定微生物种属关系，获得特定样品中的微生物多样性信息。
 
      高通量测序MiSeq分析:
      采用第二代高通量测序平台MiSeq，对核糖体RNA高变区域，比如16S rDNA/18S rDNA/ITS等序列，或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种属关系，获得特定样本中的微生物多样性信息。