免疫共沉淀(co-inmunoprecipitation，Co-IP)技术已经成为经典的检测蛋白-蛋白间相互作用的测序技术，其基本原理是以细胞内源性靶蛋白为诱饵，将靶蛋白抗体与细胞总蛋白进行共孵育，促进免疫复合物的形成;随后加入能够与抗体FC段结合的protein-A/G(预先结合固化在琼脂小珠上)，形成“结合蛋白-靶蛋白-靶蛋白抗体-proteinA/G小珠”复合物，纯化该复合物凝胶电泳分离蛋白，应用Westernblot或者质谱分析鉴定靶蛋白的结合蛋白。

     目前常用proreinA预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的proreinA就能吸附抗原。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合;也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。